[合集]如何预测蛋白的功能——请讨论    

发信人: palomino (~快马加鞭~), 信区: Bioinformatics
标  题: [合集]如何预测蛋白的功能——请讨论
发信站: 北大未名站 (2003年05月19日16:55:39 星期一), 转信

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作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  如何预测蛋白的功能——请讨论                                           
时间  北大未名站 (2003年05月18日14:19:51 星期天), 转信                       
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有个问题我没有想明白：如何根据genome的测序结果，找到orf后，去
预测可能蛋白的功能？这是请各位讨论的问题。大家都说说看吧？
举个例子：我有一个长度为1000aa的蛋白，其中300-500有一个保守域，
假设是ankyrin，然后怎么预测其功能，怎么能指导实验呢？

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作者  lazy (draughts), 信区: Bioinformatics                                  
标题  Re: 如何预测蛋白的功能——请讨论                                       
时间  北大未名站 (2003年05月18日14:21:11 星期天), 转信                       
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已有的方法还是有一些的, 而且这方面的综述也有, 自己搜搜把

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作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 如何预测蛋白的功能——请讨论                                       
时间  北大未名站 (2003年05月18日14:25:40 星期天), 转信                       
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呵呵，你误解了，文献我是的看过一点的，不过放在这里讨论的意思，
是看看诸位有没有什么比较好的见解，如果有问题就看文献，这样可
以解决的话，我何必还来这里呢？
想看看大家有没有什么意向，统一一下观点。呵呵，仅此而已。

已有的方法还是有一些的, 而且这方面的综述也有, 自己搜搜把

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作者  kokolu (祈祷), 信区: Bioinformatics                                    
标题  Re: 如何预测蛋白的功能——请讨论                                       
时间  北大未名站 (2003年05月18日15:02:47 星期天), 转信                       
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那就去search database，
找到和这个蛋白有相似保守域的其他蛋白
看看其他蛋白都有什么功能
然后类比，推测之…………

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作者  wwpeking (nihao), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 如何预测蛋白的功能——请讨论                                       
时间  北大未名站 (2003年05月18日15:20:42 星期天) , 站内信件                  
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呵呵，蛋白质功能预测！蛋白质结构预测一个主要目的就是要为功能预测服务的吧，包括药
物筛选，药物设计，其实这些东西是搅和在一起的，头都大了。

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作者  lazy (draughts), 信区: Bioinformatics                                  
标题  Re: 如何预测蛋白的功能——请讨论                                       
时间  北大未名站 (2003年05月18日15:26:12 星期天), 转信                       
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hehe, 结构是结构， 功能是功能， 就现在的水平知道了结构预测功能或者知道
了功能预测结构都不是容易的事情

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作者  wwpeking (nihao), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 如何预测蛋白的功能——请讨论                                       
时间  北大未名站 (2003年05月18日15:29:13 星期天) , 站内信件                  
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不容易当然不不容易，但是结构和功能是紧密相联系地，而不是分家过日子地！

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作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 如何预测蛋白的功能——请讨论                                       
时间  北大未名站 (2003年05月18日16:37:41 星期天), 转信                       
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嗯，不错的方法。
还有么？
那就去search database，
找到和这个蛋白有相似保守域的其他蛋白
看看其他蛋白都有什么功能
然后类比，推测之…………

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作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 如何预测蛋白的功能——请讨论                                       
时间  北大未名站 (2003年05月18日16:39:10 星期天), 转信                       
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嗯，具体方法，能否给个流程？

呵呵，蛋白质功能预测！蛋白质结构预测一个主要目的就是要为功能预测服务的吧，包括
药
物筛选，药物设计，其实这些东西是搅和在一起的，头都大了。

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作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 如何预测蛋白的功能——请讨论                                       
时间  北大未名站 (2003年05月18日16:40:12 星期天), 转信                       
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哈，现在的问题是：拿到一个序列，如何比较快速大致的预测一下功
能？
不容易当然不不容易，但是结构和功能是紧密相联系地，而不是分家过日子地！

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作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 如何预测蛋白的功能——请讨论                                       
时间  北大未名站 (2003年05月18日16:45:24 星期天), 转信                       
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是这样的，要是随便说，大家也都知道，无非是看看有没有同源物，
再根据这些来判断，其他的方法也有一些。但我在这里是想问各位：
如何整理一个流程出来，要大致可以用的。我自己确实有自己的方法。
但是，直接说出来，就没劲了。毕竟各人的想法是不一样的，而且，
我担心我这么一说，各位就不去思考了，那我还有什么意思去说？
我们在这里是集思广益，互相帮助，解决一个问题，泛泛的说，有
多少意思？
我再重复一下我的问题：给一个序列，如何在较短时间内，大致判断
其功能，如何进一步指导实验？
如果做不到，就做不到，不要跑题了。

hehe, 结构是结构， 功能是功能， 就现在的水平知道了结构预测功能或者知道
了功能预测结构都不是容易的事情

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作者  biojs (成名之前的悲惨遭遇), 信区: Bioinformatics                       
标题  Re: 如何预测蛋白的功能——请讨论                                       
时间  北大未名站 (2003年05月18日16:50:15 星期天) , 站内信件                  
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各位老大,老是谈些非关键问题,且看小弟分析:
1.这位老兄所说:那就去search database，找到和这个蛋白有相似保守域的其他蛋白,看看其
他蛋白都有什么功能,然后类比，推测之…………  
a.疏水性分析,看是否为求蛋白,并大概推断空间结构,(看疏水性集团的规律性)
b.跨模分析,看是否为跨模蛋白,

2.如果是新蛋白(such as orf 3,4 ,7-14 of sars),只能靠我们发展从头算了.

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作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 如何预测蛋白的功能——请讨论                                       
时间  北大未名站 (2003年05月18日17:12:13 星期天), 转信                       
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嗯，很不错，终于有给个比较系统的了。不过有一点需要说的，就是
有跨膜区段的，不一定是跨膜的蛋白，如果这个蛋白有个NLS（nuclear
localization signal）片断，它可以进到核里呀，就不是在膜上了。
另外，疏水分析？如何判断大致结构?不理解。
请再讨论。

各位老大,老是谈些非关键问题,且看小弟分析:
1.这位老兄所说:那就去search database，找到和这个蛋白有相似保守域的其他蛋白,看看
其
他蛋白都有什么功能,然后类比，推测之…………  
a.疏水性分析,看是否为求蛋白,并大概推断空间结构,(看疏水性集团的规律性)
b.跨模分析,看是否为跨模蛋白,

2.如果是新蛋白(such as orf 3,4 ,7-14 of sars),只能靠我们发展从头算了.

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作者  kingsyl (google==10^100仙人指路中), 信区: Bioinformatics               
标题  Re: 如何预测蛋白的功能——请讨论                                       
时间  北大未名站 (2003年05月18日17:15:26 星期天), 站内信件                   
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You are right.

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作者  biojs (成名之前的悲惨遭遇), 信区: Bioinformatics                       
标题  Re: 如何预测蛋白的功能——请讨论                                       
时间  北大未名站 (2003年05月18日17:28:41 星期天) , 站内信件                  
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疏水

疏水蛋白肯定在球蛋白内拉,   另外,alpha,beta 里的疏水氨基酸也有特点,比如fi+1, fi+
4这种规律性

分析？如何判断大致结构?不理解。

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作者  kingsyl (google==10^100仙人指路中), 信区: Bioinformatics               
标题  Re: 如何预测蛋白的功能——请讨论                                       
时间  北大未名站 (2003年05月18日17:33:25 星期天), 站内信件                   
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1.判定给定的序列是否是蛋白序列。如果不是不用做实验。
2.如果是蛋白序列，搜索swiss-prot序列库看是否有同源。
  a,很幸运，你找到了同源序列，基本上可以判定功能。
  b,一般，找到几个远同源的。用程序建模吧。
  c.其它的，正在发展中。。。
3.如果你还有其它信息，比如基因组情况，或者更多信息。可以考虑一些进化的东西。我
翻译过一些综述见 mdl.ipc.pku.edu~syliu/下面的文献研究

From sequence to Function, 不知道你有什么高见
。不妨拿出来讨论。其实，如果要和实
验结合，要具体问题具体分析。比如你提到的跨膜之类的，涉及膜蛋白结构功能预测。问
题更难一些。具体方法，还需要做一些文献研究。

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作者  wwpeking (nihao), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 如何预测蛋白的功能——请讨论                                       
时间  北大未名站 (2003年05月18日19:19:35 星期天) , 站内信件                  
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我还是同意前边一篇文章的观点，那就是先对这个序列进行比对，找出和它最相似的已知序
列，然后，就假设两个序列的功能类似。这是我所知道的目前唯一能快速预测功能的方法，
其实，和蛋白质结构预测一样，也是基于知识的。

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作者  wwpeking (nihao), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 如何预测蛋白的功能——请讨论                                       
时间  北大未名站 (2003年05月18日19:23:23 星期天) , 站内信件                  
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呵呵，biojs老弟对这些还算是比较有研究啊，我也考虑到这些东西了。前一阶段也作了一些
疏水性以及跨模区域的分析，不过，我目前在这方面没有什么好的想法了，如果你有，可以
讨论。

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作者  biojs (成名之前的悲惨遭遇), 信区: Bioinformatics                       
标题  Re: 如何预测蛋白的功能——请讨论                                       
时间  北大未名站 (2003年05月18日19:34:53 星期天) , 站内信件                  
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请看前天的本小组的作战法案.即:NN+GA+MM(ONE OF AB INITIO),但是在建模是NN,GA,MM的比
重是多少?
要么在混合MC进去.    请大家给出批评意见

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作者  kingsyl (google==10^100仙人指路中), 信区: Bioinformatics               
标题  Re: 如何预测蛋白的功能——请讨论                                       
时间  北大未名站 (2003年05月18日19:38:41 星期天), 站内信件                   
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  什么小组？

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作者  biojs (成名之前的悲惨遭遇), 信区: Bioinformatics                       
标题  Re: 如何预测蛋白的功能——请讨论                                       
时间  北大未名站 (2003年05月18日22:17:42 星期天) , 站内信件                  
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我得私人业余战队  :)

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作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 如何预测蛋白的功能——请讨论                                       
时间  北大未名站 (2003年05月19日10:51:45 星期一), 转信                       
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嗯，你的观点我是非常同意的。而且，最好的方法，我觉得也就是这
个。但是有些限制。比如目前测序的结果，很多是你很难找到同源物
的，这个，怎么办？假如比对的结果，分数E-value基本上都是3，4
呵呵，估计你够呛了。

我还是同意前边一篇文章的观点，那就是先对这个序列进行比对，找出和它最相似的已知
序
列，然后，就假设两个序列的功能类似。这是我所知道的目前唯一能快速预测功能的方法
，
其实，和蛋白质结构预测一样，也是基于知识的。

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作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 如何预测蛋白的功能——请讨论                                       
时间  北大未名站 (2003年05月19日10:55:41 星期一), 转信                       
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嘻嘻，我也要问一句：疏水性，跨膜的分析，用处究竟有多大呢？
商会有朋友拿一个序列来，我分析了半天，也没有找到什么有用的信
息，唉，lose face...

呵呵，biojs老弟对这些还算是比较有研究啊，我也考虑到这些东西了。前一阶段也作了一
些
疏水性以及跨模区域的分析，不过，我目前在这方面没有什么好的想法了，如果你有，可
以
讨论。
看其

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作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 如何预测蛋白的功能——请讨论                                       
时间  北大未名站 (2003年05月19日10:58:49 星期一), 转信                       
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ft!搞得跟CS一样。不过祝你好运。但是，第一件事是，多看点文献，
起码你在这方面看的文献要比我多很多，才可以。我可是做序列比对
的。呵呵，我看好你们。

我得私人业余战队  :)

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作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 如何预测蛋白的功能——请讨论                                       
时间  北大未名站 (2003年05月19日11:29:02 星期一), 转信                       
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结题。
这个问题，讨论到这里，可以告一段落。总体来说，就是有思路，没有
好的方法，毕竟这是一个目前全世界都发愁的问题。所以，不能很好的
解决，没有什么关系。
总体来说，总结各位的帖子，大致的步骤是;
1. 做序列比对，如果发现同源物，则a，未发现很明显的同源物，则
b。
a. 若a，则可以先看一下是否为orthologues,如果是，功能一般保守，
可以预测的比较好。如果只是paralogues,那么，功能有待进一步推敲，
b.拿程序建模。这个建模的方式如何？kingsyl可否补个帖子说一下？
呵呵，不大理解。
2. 可以先拿mRNA看一下，是否存在splicing，有无组织特异性，这里
有个UCLA的一个ASAP的splicing的数据库，可以查到大部分的splicing.
3. 分析蛋白序列性质。例如，疏水，跨膜，coil-coil，
4.分析二级结构及保守域，motif,domain等等
5.如果有30%以上的同源物，结构已知，可以考虑建模预测结构。
6.如果蛋白不长，100aa左右，可以直接rossetta预测结构。
最后，所有的预测，仅供参考。需要实验证明。呵呵，这样的总结，
是否凑合了？

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作者  biojs (成名之前的悲惨遭遇), 信区: Bioinformatics                       
标题  Re: 如何预测蛋白的功能——请讨论                                       
时间  北大未名站 (2003年05月19日12:27:27 星期一) , 站内信件                  
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when facing the situation,the unique method is ab initio