[合集]知道结构了，能预测突变的作用么 ?

发信人: kingsyl (Molecular Machine To Be Studied), 信区: Bioinformatics
标  题: [合集]知道结构了，能预测突变的作用么 ？
发信站: 北大未名站 (2004年03月21日20:11:20 星期天), 站内信件

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作者  lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics            
标题  知道结构了，能预测突变的作用么？                                       
时间  北大未名站 (2003年10月22日20:16:21 星期三), 转信                       
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现在知道一个蛋白的结构，wild-type的。然后实验室有人做了一个点突变，
想看一下这个点突变对于结构有没有影响，该怎么做？烦请指点一下。
谢谢！

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作者  sysiphean (剑吼西风), 信区: Bioinformatics                             
标题  Re: 知道结构了，能预测突变的作用么？                                   
时间  北大未名站 (2003年10月22日20:38:34 星期三), 转信                       
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dock吧

问syliu啊,呵呵

【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 现在知道一个蛋白的结构，wild-type的。然后实验室有人做了一个点突变，
: 想看一下这个点突变对于结构有没有影响，该怎么做？烦请指点一下。
: 谢谢！

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作者  kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢), 信区: Bioinformatics                 
标题  Re: 知道结构了，能预测突变的作用么？                                   
时间  北大未名站 (2003年10月22日21:16:47 星期三), 站内信件                   
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Wrong!

Search Muation, Alanine Scaning. You will get some database and paper about
it. Some people caculated the free energy changes by mutation. And some....

But nearly none do docking about this problem.

【 在 sysiphean (剑吼西风) 的大作中提到: 】
: dock吧
: 问syliu啊,呵呵

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作者  lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics            
标题  Re: 知道结构了，能预测突变的作用么？                                   
时间  北大未名站 (2003年10月22日21:34:41 星期三), 转信                       
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查那些数据库，能不能给点提示？

【 在 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢) 的大作中提到: 】

Wrong!

Search Muation, Alanine Scaning. You will get some database and paper about
it. Some people caculated the free energy changes by mutation. And some....

But nearly none do docking about this problem.

【 在 sysiphean (剑吼西风) 的大作中提到: 】
: dock吧
: 问syliu啊,呵呵

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作者  lazy (draughts), 信区: Bioinformatics                                  
标题  Re: 知道结构了，能预测突变的作用么？                                   
时间  北大未名站 (2003年10月22日22:02:10 星期三), 转信                       
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既然实验上点突变都已经作了, 那么看突变对结构有没有影响最有效和可靠的方法当然还
是实验，比如扫一些CD什么的, 计算上稍微可靠一点的方法是做MD模拟, 看看结构会不会
垮掉, 但是一般来说远不如实验可靠和直接
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 现在知道一个蛋白的结构，wild-type的。然后实验室有人做了一个点突变，
: 想看一下这个点突变对于结构有没有影响，该怎么做？烦请指点一下。
: 谢谢！

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作者  kokolu (岁月如歌), 信区: Bioinformatics                                
标题  Re: 知道结构了，能预测突变的作用么？                                   
时间  北大未名站 (2003年10月22日22:09:13 星期三), 转信                       
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呵呵，先直接从立体结构上看点突变是否发生在活性部位处就可以
做出很多猜测啊
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 现在知道一个蛋白的结构，wild-type的。然后实验室有人做了一个点突变，
: 想看一下这个点突变对于结构有没有影响，该怎么做？烦请指点一下。
: 谢谢！

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作者  kokolu (岁月如歌), 信区: Bioinformatics                                
标题  Re: 知道结构了，能预测突变的作用么？                                   
时间  北大未名站 (2003年10月22日22:10:06 星期三), 转信                       
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确实wild-type的结构做出来了，再去作突变体的晶体结构应该不会太难了吧
【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 既然实验上点突变都已经作了, 那么看突变对结构有没有影响最有效和可靠的方法当然还
: 是实验，比如扫一些CD什么的, 计算上稍微可靠一点的方法是做MD模拟, 看看结构会不会
: 垮掉, 但是一般来说远不如实验可靠和直接

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作者  lazy (draughts), 信区: Bioinformatics                                  
标题  Re: 知道结构了，能预测突变的作用么？                                   
时间  北大未名站 (2003年10月22日22:13:27 星期三), 转信                       
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做晶体结构还是一件很麻烦的事情, 而且也没有必要.
【 在 kokolu (岁月如歌) 的大作中提到: 】
: 确实wild-type的结构做出来了，再去作突变体的晶体结构应该不会太难了吧

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作者  kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢), 信区: Bioinformatics                 
标题  Re: 知道结构了，能预测突变的作用么？                                   
时间  北大未名站 (2003年10月22日22:36:04 星期三), 站内信件                   
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哈哈， 快把我的盘拿过来。

你现在一说就让人家MD啊，
研究突变对结构的影响MD管用么？

【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 既然实验上点突变都已经作了, 那么看突变对结构有没有影响最有效和可靠的方法当然还
: 是实验，比如扫一些CD什么的, 计算上稍微可靠一点的方法是做MD模拟, 看看结构会不会
: 垮掉, 但是一般来说远不如实验可靠和直接

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作者  kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢), 信区: Bioinformatics                 
标题  Re: 知道结构了，能预测突变的作用么？                                   
时间  北大未名站 (2003年10月22日22:37:48 星期三), 站内信件                   
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一点都不麻烦， PDB里面象这种事情多的去了。有的已经做了好几十个甚至上百个突变了
。而且结构都解出来了。

【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 做晶体结构还是一件很麻烦的事情, 而且也没有必要.

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作者  lazy (draughts), 信区: Bioinformatics                                  
标题  Re: 知道结构了，能预测突变的作用么？                                   
时间  北大未名站 (2003年10月22日22:38:37 星期三), 转信                       
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显然管用呀. MD是最可靠的计算模拟方法方法, 这绝对没有问题.
【 在 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢) 的大作中提到: 】
: 哈哈， 快把我的盘拿过来。
: 你现在一说就让人家MD啊，
: 研究突变对结构的影响MD管用么？

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作者  sysiphean (剑吼西风), 信区: Bioinformatics                             
标题  Re: 知道结构了，能预测突变的作用么？                                   
时间  北大未名站 (2003年10月22日22:38:56 星期三), 转信                       
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呵呵，要是碰上突变影响表达和结晶条件的了
就没有这么容易了啊

要不，每个蛋白还不都搞出n多结构来？

【 在 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢) 的大作中提到: 】
: 一点都不麻烦， PDB里面象这种事情多的去了。有的已经做了好几十个甚至上百个突变了
: 。而且结构都解出来了。

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作者  sysiphean (剑吼西风), 信区: Bioinformatics                             
标题  Re: 知道结构了，能预测突变的作用么？                                   
时间  北大未名站 (2003年10月22日22:39:49 星期三), 转信                       
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如果是在活性部位或者关键残基的突变
MD能保证实验中能得到结构？

【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 显然管用呀. MD是最可靠的计算模拟方法方法, 这绝对没有问题.

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作者  kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢), 信区: Bioinformatics                 
标题  Re: 知道结构了，能预测突变的作用么？                                   
时间  北大未名站 (2003年10月22日22:40:03 星期三), 站内信件                   
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也是一个近似的方法， 可靠程度有待于进一步实验验证

【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 显然管用呀. MD是最可靠的计算模拟方法方法, 这绝对没有问题.

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作者  lazy (draughts), 信区: Bioinformatics                                  
标题  Re: 知道结构了，能预测突变的作用么？                                   
时间  北大未名站 (2003年10月22日22:40:31 星期三), 转信                       
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做突变的和最初作结构的不一定是一个实验室亚, 而且同样的条件下也不一定突变体就能
长得出晶体来, 就算能长出晶体来收数据解结构还得折腾几个月。何况突变体可能根本就
不折叠，没有特殊要求不用重新去解结构的
【 在 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢) 的大作中提到: 】
: 一点都不麻烦， PDB里面象这种事情多的去了。有的已经做了好几十个甚至上百个突变了
: 。而且结构都解出来了。

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作者  lazy (draughts), 信区: Bioinformatics                                  
标题  Re: 知道结构了，能预测突变的作用么？                                   
时间  北大未名站 (2003年10月22日22:41:13 星期三), 转信                       
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我说的是最可靠的计算模拟手段, 也仅此而已
【 在 sysiphean (剑吼西风) 的大作中提到: 】
: 如果是在活性部位或者关键残基的突变
: MD能保证实验中能得到结构？

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作者  kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢), 信区: Bioinformatics                 
标题  Re: 知道结构了，能预测突变的作用么？                                   
时间  北大未名站 (2003年10月22日22:42:01 星期三), 站内信件                   
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一个蛋白， 点突变结构在PDB里面常见啊。

【 在 sysiphean (剑吼西风) 的大作中提到: 】
: 呵呵，要是碰上突变影响表达和结晶条件的了
: 就没有这么容易了啊
: 要不，每个蛋白还不都搞出n多结构来？

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作者  lazy (draughts), 信区: Bioinformatics                                  
标题  Re: 知道结构了，能预测突变的作用么？                                   
时间  北大未名站 (2003年10月22日22:42:44 星期三), 转信                       
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常见能说明什么问题, 做过的突变体数目>>PDB数目
【 在 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢) 的大作中提到: 】
:  一个蛋白， 点突变结构在PDB里面常见啊。

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作者  kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢), 信区: Bioinformatics                 
标题  Re: 知道结构了，能预测突变的作用么？                                   
时间  北大未名站 (2003年10月22日22:44:18 星期三), 转信                       
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就是有一个学物理的变态做了几十个啊。 难道你忘了？ 老板知道那个体系的。叫什么溶
菌酶什么的。 她长出一个结构就往PDB里面投一个。具体search

【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 做突变的和最初作结构的不一定是一个实验室亚, 而且同样的条件下也不一定突变体就能
: 长得出晶体来, 就算能长出晶体来收数据解结构还得折腾几个月。何况突变体可能根本就
: 不折叠，没有特殊要求不用重新去解结构的

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作者  sysiphean (剑吼西风), 信区: Bioinformatics                             
标题  Re: 知道结构了，能预测突变的作用么？                                   
时间  北大未名站 (2003年10月22日22:44:21 星期三), 转信                       
───────────────────────────────────────
nod

hehe

【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 常见能说明什么问题, 做过的突变体数目>>PDB数目

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作者  sysiphean (剑吼西风), 信区: Bioinformatics                             
标题  Re: 知道结构了，能预测突变的作用么？                                   
时间  北大未名站 (2003年10月22日22:45:00 星期三), 转信                       
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个例

不具有代表性

【 在 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢) 的大作中提到: 】
: 就是有一个学物理的变态做了几十个啊。 难道你忘了？ 老板知道那个体系的。叫什么溶
: 菌酶什么的。 她长出一个结构就往PDB里面投一个。具体search

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作者  kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢), 信区: Bioinformatics                 
标题  Re: 知道结构了，能预测突变的作用么？                                   
时间  北大未名站 (2003年10月22日22:46:36 星期三), 站内信件                   
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错误观点啊。 其它的情况类似， 所以跟风的人不多哦。

【 在 sysiphean (剑吼西风) 的大作中提到: 】
: 个例
: 不具有代表性

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作者  kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢), 信区: Bioinformatics                 
标题  Re: 知道结构了，能预测突变的作用么？                                   
时间  北大未名站 (2003年10月22日22:46:58 星期三), 站内信件                   
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没看懂。

【 在 sysiphean (剑吼西风) 的大作中提到: 】
nod

hehe

【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 常见能说明什么问题, 做过的突变体数目>>PDB数目

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作者  kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢), 信区: Bioinformatics                 
标题  Re: 知道结构了，能预测突变的作用么？                                   
时间  北大未名站 (2003年10月22日22:48:40 星期三), 站内信件                   
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这个时间问题要专家才能回答了。难度问题我估计应该很小的。已经长出结构的条件都
是摸好了。

【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 做突变的和最初作结构的不一定是一个实验室亚, 而且同样的条件下也不一定突变体就能
: 长得出晶体来, 就算能长出晶体来收数据解结构还得折腾几个月。何况突变体可能根本就
: 不折叠，没有特殊要求不用重新去解结构的

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作者  lazy (draughts), 信区: Bioinformatics                                  
标题  Re: 知道结构了，能预测突变的作用么？                                   
时间  北大未名站 (2003年10月22日22:54:51 星期三), 转信                       
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你没上过黄其辰的蛋白质晶体学么
【 在 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢) 的大作中提到: 】
:  这个时间问题要专家才能回答了。难度问题我估计应该很小的。已经长出结构的条件都
: 是摸好了。

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作者  newjun (闲), 信区: Bioinformatics                                      
标题  Re: 知道结构了，能预测突变的作用么？                                   
时间  北大未名站 (2003年10月23日00:51:35 星期四), 转信                       
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可以试一下，看看经典是，做作MD，，在搞一搞QM/MM，说不定就有结果了。
?
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 现在知道一个蛋白的结构，wild-type的。然后实验室有人做了一个点突变，
: 想看一下这个点突变对于结构有没有影响，该怎么做？烦请指点一下。
: 谢谢！