[合集]请问hssp,fasta等不同格式的文件怎

发信人: kingsyl (Molecular Machine To Be Studied), 信区: Bioinformatics
标  题: [合集]请问hssp,fasta等不同格式的文件怎
发信站: 北大未名站 (2004年03月21日19:59:55 星期天), 站内信件

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作者  pkpk (幸福的ZT|我不是马甲), 信区: Bioinformatics                       
标题  请问hssp,fasta等不同格式的文件怎么相互转换                             
时间  北大未名站 (2004年02月20日12:24:31 星期五), 转信                       
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有什么好用的软件吗
bow一个先

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作者  dayhoff (愤怒的小马), 信区: Bioinformatics                             
标题  Re: 请问hssp,fasta等不同格式的文件怎么相互转换                         
时间  北大未名站 (2004年02月20日13:21:16 星期五), 转信                       
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google mview or HsspToFasta

what are you doing? I have done something with hssp last year

【 在 pkpk (幸福的ZT|我不是马甲) 的大作中提到: 】
: 有什么好用的软件吗
: bow一个先

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作者  pkpk (幸福的ZT|我不是马甲), 信区: Bioinformatics                       
标题  Re: 请问hssp,fasta等不同格式的文件怎么相互转换                         
时间  北大未名站 (2004年02月20日15:49:17 星期五), 转信                       
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多谢
我实际上需要的是hssp比对好的序列,我要用他们找每个位点残基的保守性

【 在 dayhoff (愤怒的小马) 的大作中提到: 】
: google mview or HsspToFasta
: what are you doing? I have done something with hssp last year

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作者  pkpk (幸福的ZT|我不是马甲), 信区: Bioinformatics                       
标题  Re: 请问hssp,fasta等不同格式的文件怎么相互转换                         
时间  北大未名站 (2004年02月20日16:28:56 星期五), 转信                       
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我找到了
也能用
但是一个hssp文件只给出一条序列
hssp不是作过比对的结果吗
怎么只有一条
还有hssp文件里乱七八糟的内容都是什么呀
我看晕了

【 在 dayhoff (愤怒的小马) 的大作中提到: 】
: google mview or HsspToFasta
: what are you doing? I have done something with hssp last year

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作者  pkpk (幸福的ZT|我不是马甲), 信区: Bioinformatics                       
标题  Re: 请问hssp,fasta等不同格式的文件怎么相互转换                         
时间  北大未名站 (2004年02月20日17:13:14 星期五), 转信                       
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大虾
欧又有问题了
VAR,EBTRIPY,WEIGHT这三项都是怎么算出来的

【 在 dayhoff (愤怒的小马) 的大作中提到: 】
: google mview or HsspToFasta
: what are you doing? I have done something with hssp last year

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作者  dayhoff (愤怒的小马), 信区: Bioinformatics                             
标题  Re: 请问hssp,fasta等不同格式的文件怎么相互转换                         
时间  北大未名站 (2004年02月20日23:42:11 星期五), 转信                       
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I don't know the answers for these questions

only use the aligned sequences before

【 在 pkpk (幸福的ZT|我不是马甲) 的大作中提到: 】
: 大虾
: 欧又有问题了
: VAR,EBTRIPY,WEIGHT这三项都是怎么算出来的

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作者  dayhoff (愤怒的小马), 信区: Bioinformatics                             
标题  Re: 请问hssp,fasta等不同格式的文件怎么相互转换                         
时间  北大未名站 (2004年02月21日02:35:57 星期六), 转信                       
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no idea what is wrong

I got a bunch of sequences from one HSSP file

【 在 pkpk (幸福的ZT|我不是马甲) 的大作中提到: 】
: 我找到了
: 也能用
: 但是一个hssp文件只给出一条序列
: hssp不是作过比对的结果吗
: 怎么只有一条
: 还有hssp文件里乱七八糟的内容都是什么呀
: 我看晕了

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作者  Auction (御风而行), 信区: Bioinformatics                               
标题  Re: 请问hssp,fasta等不同格式的文件怎么相互转换                         
时间  北大未名站 (2004年02月21日14:28:18 星期六), 转信                       
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推荐你用biopython
【 在 pkpk (幸福的ZT|我不是马甲) 的大作中提到: 】
: 有什么好用的软件吗
: bow一个先

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作者  lylover (cinderella), 信区: Bioinformatics                             
标题  Re: 请问hssp,fasta等不同格式的文件怎么相互转换                         
时间  北大未名站 (2004年02月21日15:56:15 星期六), 转信                       
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ft!!!bioperl不行么？

【 在 Auction (御风而行) 的大作中提到: 】
推荐你用biopython
【 在 pkpk (幸福的ZT|我不是马甲) 的大作中提到: 】
: 有什么好用的软件吗
: bow一个先

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作者  kokolu (岁月如歌#蜕), 信区: Bioinformatics                             
标题  Re: 请问hssp,fasta等不同格式的文件怎么相互转换                         
时间  北大未名站 (2004年02月21日17:03:42 星期六), 转信                       
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有人曾说，如果你现在已经会perl了，那么继续。
如果你不会，建议学python。

别人说的啊，出了问题别找我理论^_^

【 在 lylover (cinderella) 的大作中提到: 】
: ft!!!bioperl不行么？
: 推荐你用biopython

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作者  lylover (cinderella), 信区: Bioinformatics                             
标题  Re: 请问hssp,fasta等不同格式的文件怎么相互转换                         
时间  北大未名站 (2004年02月21日18:16:00 星期六), 转信                       
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nod!!!同意，同意。
据说biopython现在“市场”占有率也蛮高的。

【 在 kokolu (岁月如歌#蜕) 的大作中提到: 】
有人曾说，如果你现在已经会perl了，那么继续。
如果你不会，建议学python。

别人说的啊，出了问题别找我理论^_^

【 在 lylover (cinderella) 的大作中提到: 】
: ft!!!bioperl不行么？
: 推荐你用biopython

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作者  Auction (御风而行), 信区: Bioinformatics                               
标题  Re: 请问hssp,fasta等不同格式的文件怎么相互转换                         
时间  北大未名站 (2004年02月24日10:27:09 星期二), 转信                       
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ft!!!!! bioperl当然可以。
而且一般来说bioperl的功能模块比biopython要多，
不过我是不想看到perl里面那些美元符号的。
【 在 lylover (cinderella) 的大作中提到: 】
: ft!!!bioperl不行么？
: 推荐你用biopython

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作者  lylover (cinderella), 信区: Bioinformatics                             
标题  Re: 请问hssp,fasta等不同格式的文件怎么相互转换                         
时间  北大未名站 (2004年02月25日07:53:05 星期三), 转信                       
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哈哈，我一看到美刀的符号，就倍(儿)有精神，呵呵。

【 在 Auction (御风而行) 的大作中提到: 】
ft!!!!! bioperl当然可以。
而且一般来说bioperl的功能模块比biopython要多，
不过我是不想看到perl里面那些美元符号的。
【 在 lylover (cinderella) 的大作中提到: 】
: ft!!!bioperl不行么？
: 推荐你用biopython