[合集]谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀！

发信人: kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢), 信区: Bioinformatics
标  题: [合集]谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀！
发信站: 北大未名站 (2003年11月23日10:08:16 星期天), 转信

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作者  BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖), 信区: Bioinformatics                 
标题  谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀！                                        
时间  北大未名站 (2003年11月21日10:52:34 星期五) , 站内信件                  
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我都FT了
一个文件一个样
有没有什么标准！

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作者  ctb (bioinformatics), 信区: Bioinformatics                             
标题  Re: 谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀！                                    
时间  北大未名站 (2003年11月21日11:30:14 星期五), 站内信件                   
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有什么问题阿？
你可以做一个预处理的小程序format!

【 在 BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖) 的大作中提到: 】
: 我都FT了
: 一个文件一个样
: 有没有什么标准！

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作者  sunzx (no nickname), 信区: Bioinformatics                              
标题  Re: 谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀！                                    
时间  北大未名站 (2003年11月21日13:35:58 星期五), 转信                       
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ft...这个ID...
【 在 ctb (bioinformatics) 的大作中提到: 】
: 有什么问题阿？
: 你可以做一个预处理的小程序format!

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作者  ctb (bioinformatics), 信区: Bioinformatics                             
标题  Re: 谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀！                                    
时间  北大未名站 (2003年11月21日13:54:33 星期五), 站内信件                   
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我先保管，合适的时候再贡献出来。 哈哈

【 在 sunzx (no nickname) 的大作中提到: 】
ft...这个ID...
【 在 ctb (bioinformatics) 的大作中提到: 】
: 有什么问题阿？
: 你可以做一个预处理的小程序format!

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作者  newjun (闲), 信区: Bioinformatics                                      
标题  Re: 谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀！                                    
时间  北大未名站 (2003年11月21日14:08:46 星期五), 转信                       
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PDB的网站上就有解释。

【 在 BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖) 的大作中提到: 】
: 我都FT了
: 一个文件一个样
: 有没有什么标准！

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作者  kokolu (岁月如歌), 信区: Bioinformatics                                
标题  Re: 谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀！                                    
时间  北大未名站 (2003年11月21日17:34:07 星期五), 转信                       
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//nod
http://www.rcsb.org/pdb/

有一个file format的链接
上次lazy说过的

【 在 newjun (闲) 的大作中提到: 】
: PDB的网站上就有解释。

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作者  kokolu (岁月如歌), 信区: Bioinformatics                                
标题  Re: 谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀！                                    
时间  北大未名站 (2003年11月21日17:36:05 星期五), 转信                       
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还有cbi呢~~小dd出来秀一秀~
【 在 sunzx (no nickname) 的大作中提到: 】
: ft...这个ID...

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作者  cbi (土豆|放弃|一样的天不一样的人), 信区: Bioinformatics               
标题  Re: 谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀！                                    
时间  北大未名站 (2003年11月21日17:37:17 星期五), 转信                       
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来了
呵呵
【 在 kokolu (岁月如歌) 的大作中提到: 】
: 还有cbi呢~~小dd出来秀一秀~

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作者  kokolu (岁月如歌), 信区: Bioinformatics                                
标题  Re: 谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀！                                    
时间  北大未名站 (2003年11月21日17:38:33 星期五), 转信                       
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ft
来的也太快了
//pat~
【 在 cbi (土豆|放弃|一样的天不一样的人) 的大作中提到: 】
: 来了
: 呵呵

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作者  cbi (土豆|放弃|一样的天不一样的人), 信区: Bioinformatics               
标题  Re: 谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀！                                    
时间  北大未名站 (2003年11月21日17:39:44 星期五), 转信                       
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呵呵刚刚好看到这里了
【 在 kokolu (岁月如歌) 的大作中提到: 】
: ft
: 来的也太快了
: //pat~

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作者  BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖), 信区: Bioinformatics                 
标题  Re: 谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀！                                    
时间  北大未名站 (2003年11月21日22:24:26 星期五) , 站内信件                  
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上国外的网要花钱也
我不去！
就比如Seqres的字段下面
我就见到了几种格式
有的是3个字母表示，
有的是1个字母表示，
有的在每行的氨基酸前面还有一个A拉B拉什么的。
还有Sheet
我怎么能从文件中看出比较具体的结构，比如，反平行的时候是谁和谁配对？
最后，从ftp.cbi.pku.edu.cn下载的文件每行后面没有换行符！
那除非我知道所有的字段名，否则我怎么知道从什么地方算换行？ft!
【 在 kokolu (岁月如歌) 的大作中提到: 】
: //nod
: http://www.rcsb.org/pdb/
: 有一个file format的链接
: 上次lazy说过的

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作者  kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢), 信区: Bioinformatics                 
标题  Re: 谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀！                                    
时间  北大未名站 (2003年11月21日22:30:00 星期五), 站内信件                   
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  现在的代理比我直接连接国外还要快啊。
  看看PDB的说明把。你如果在北大， 可以直接来找我复印，我这里有2。1版本的打印，
好像蛮厚的。

【 在 BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖) 的大作中提到: 】
: 上国外的网要花钱也
: 我不去！
: 就比如Seqres的字段下面
: 我就见到了几种格式
: 有的是3个字母表示，
: 有的是1个字母表示，
: 有的在每行的氨基酸前面还有一个A拉B拉什么的。
: 还有Sheet
: 我怎么能从文件中看出比较具体的结构，比如，反平行的时候是谁和谁配对？
: 最后，从ftp.cbi.pku.edu.cn下载的文件每行后面没有换行符！
: ...........................

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作者  BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖), 信区: Bioinformatics                 
标题  Re: 谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀！                                    
时间  北大未名站 (2003年11月21日22:32:09 星期五) , 站内信件                  
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哦?
我在北大也!
【 在 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢) 的大作中提到: 】
:   现在的代理比我直接连接国外还要快啊。
:   看看PDB的说明把。你如果在北大， 可以直接来找我复印，我这里有2。1版本的打印，
: 好像蛮厚的。

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作者  BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖), 信区: Bioinformatics                 
标题  Re: 谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀！                                    
时间  北大未名站 (2003年11月21日22:32:24 星期五) , 站内信件                  
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代理是啥?
【 在 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢) 的大作中提到: 】
:   现在的代理比我直接连接国外还要快啊。
:   看看PDB的说明把。你如果在北大， 可以直接来找我复印，我这里有2。1版本的打印，
: 好像蛮厚的。

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作者  lazy (draughts), 信区: Bioinformatics                                  
标题  Re: 谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀！                                    
时间  北大未名站 (2003年11月21日22:33:49 星期五), 转信                       
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netresource版面每天都有公布
【 在 BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖) 的大作中提到: 】
: 代理是啥?

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作者  kokolu (岁月如歌), 信区: Bioinformatics                                
标题  Re: 谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀！                                    
时间  北大未名站 (2003年11月21日22:36:41 星期五), 转信                       
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你不会是用记事本打开看的吧？一堆的小黑块？
那我会想哭~
【 在 BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖) 的大作中提到: 】
: 上国外的网要花钱也
: 我不去！
: 就比如Seqres的字段下面
: 我就见到了几种格式
: 有的是3个字母表示，
: 有的是1个字母表示，
: 有的在每行的氨基酸前面还有一个A拉B拉什么的。
: 还有Sheet
: 我怎么能从文件中看出比较具体的结构，比如，反平行的时候是谁和谁配对？
: 最后，从ftp.cbi.pku.edu.cn下载的文件每行后面没有换行符！
: ...........................

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作者  BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖), 信区: Bioinformatics                 
标题  Re: 谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀！                                    
时间  北大未名站 (2003年11月21日22:39:11 星期五) , 站内信件                  
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有小黑快是好事情!
没有才糟!
如果是从srs上下载
可以设置换行符
如果从ftp上下载是没有换行覆的
用记事本也没有小黑快！
【 在 kokolu (岁月如歌) 的大作中提到: 】
: 你不会是用记事本打开看的吧？一堆的小黑块？
: 那我会想哭~

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作者  kokolu (岁月如歌), 信区: Bioinformatics                                
标题  Re: 谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀！                                    
时间  北大未名站 (2003年11月21日22:40:31 星期五), 转信                       
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不会吧

说一个具体的路径和文件，我看看怎么回事
【 在 BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖) 的大作中提到: 】
: 有小黑快是好事情!
: 没有才糟!
: 如果是从srs上下载
: 可以设置换行符
: 如果从ftp上下载是没有换行覆的
: 用记事本也没有小黑快！

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作者  BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖), 信区: Bioinformatics                 
标题  Re: 谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀！                                    
时间  北大未名站 (2003年11月22日00:09:36 星期六) , 站内信件                  
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ftp.cbi.pku.edu.cn/pub/pdb/...
自己找吧
【 在 kokolu (岁月如歌) 的大作中提到: 】
: 不会吧
: 说一个具体的路径和文件，我看看怎么回事

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作者  kokolu (岁月如歌), 信区: Bioinformatics                                
标题  Re: 谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀！                                    
时间  北大未名站 (2003年11月22日00:11:52 星期六), 转信                       
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我用过的，没有问题。

至于你的具体那个文件出了问题，当然你得指出来才好check

【 在 BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖) 的大作中提到: 】
: ftp.cbi.pku.edu.cn/pub/pdb/...
: 自己找吧

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作者  BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖), 信区: Bioinformatics                 
标题  Re: 谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀！                                    
时间  北大未名站 (2003年11月22日00:34:12 星期六) , 站内信件                  
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只是没有换行符
算不得问题
但是处理起来就很棘手
因为计算机很蠢亚
【 在 kokolu (岁月如歌) 的大作中提到: 】
: 我用过的，没有问题。
: 至于你的具体那个文件出了问题，当然你得指出来才好check

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作者  BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖), 信区: Bioinformatics                 
标题  Re: 谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀！                                    
时间  北大未名站 (2003年11月22日00:36:57 星期六) , 站内信件                  
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每个文件都没有。
另外拜托我印一份说明好不好？
【 在 BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖) 的大作中提到: 】
: 只是没有换行符
: 算不得问题
: 但是处理起来就很棘手
: 因为计算机很蠢亚

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作者  dayhoff (愤怒的小马), 信区: Bioinformatics                             
标题  Re: 谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀！                                    
时间  北大未名站 (2003年11月22日05:19:57 星期六), 转信                       
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dos2unix

unix2dos

【 在 BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖) 的大作中提到: 】
: 只是没有换行符
: 算不得问题
: 但是处理起来就很棘手
: 因为计算机很蠢亚

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作者  Auction (御风而行), 信区: Bioinformatics                               
标题  Re: 谁帮忙解释一下pdb文件的格式呀！                                    
时间  北大未名站 (2003年11月22日10:38:15 星期六), 转信                       
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可以直接用这个分析拉。
Bioinformatics Vol. 19 no. 17 2003
pages 2308-2310
? 2003 Oxford University Press

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