[合集]生统与进化入门感想[一]
发信人: kingsyl (Molecular Machine To Be Studied), 信区: Bioinformatics
标 题: [合集]生统与进化入门感想[一]
发信站: 北大未名站 (2004年03月21日20:27:55 星期天), 站内信件
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作者 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 生统与进化入门感想[一]
时间 北大未名站 (2003年10月10日01:14:02 星期五), 转信
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最近在看一本Masatoshi Nei与Sudhir Kumar合写的《Molecular Evolution and
phylogenetics》,中文版的，因为觉得入门的时候，看太多的英文有点难消化。
看到书上说蛋白的进化的数学模型，居然比DNA的要简单很多，开始是不大理解的，因为
，核酸只有四种，而氨基酸，有20个。不过今天终于明白，蛋白不过是genome的编码区的
表达产物，而核酸的进化，除了有同义和非同义的替代，编码区，非编码区的进化模式，
都不尽相同的。
描述蛋白进化中，氨基酸的距离采用柏松分布校正。这个起初也不理解，看生统的柏松分
布的条件，有三：
1.事件每次出现一个，没有同时出现两个的；
2.事件的发生是独立的；
3.在一定时间内的期望值是定数。
蛋白的进化，基本还是符合这些条件的，虽然2要值得怀疑，因为，蛋白的进化，并不是
在完全的中性条件下演变，要受到选择的压力，蛋白的某些部分，是不能突变的，或者突
变很少，否则，将被自然选择所淘汰。
这是这几天看书的心得。
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作者 dayhoff (愤怒的小马), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 生统与进化入门感想[一]
时间 北大未名站 (2003年10月10日01:49:07 星期五), 转信
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The assumption of independent replacements among sites is a big hole in
current phylogenetic inference. I will rank it as No. 2 hole.
I think people realized that this assumption is not realistic but
incorporating other information (e.g., protein tertiary structure) may make
the model overparameterized and not computationally feasible for practical
analysis.
BTW, I like this book, quite good. Also you can download their datasets to
play.
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 最近在看一本Masatoshi Nei与Sudhir Kumar合写的《Molecular Evolution and
: phylogenetics》,中文版的，因为觉得入门的时候，看太多的英文有点难消化。
: 看到书上说蛋白的进化的数学模型，居然比DNA的要简单很多，开始是不大理解的，因为
: ，核酸只有四种，而氨基酸，有20个。不过今天终于明白，蛋白不过是genome的编码区的
: 表达产物，而核酸的进化，除了有同义和非同义的替代，编码区，非编码区的进化模式，
: 都不尽相同的。
: 描述蛋白进化中，氨基酸的距离采用柏松分布校正。这个起初也不理解，看生统的柏松分
: 布的条件，有三：
: 1.事件每次出现一个，没有同时出现两个的；
: 2.事件的发生是独立的；
: ...........................
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作者 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 生统与进化入门感想[一]
时间 北大未名站 (2003年10月10日01:58:08 星期五), 转信
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哪里，哪里？我马上去下光他，呵呵
对了，既然这个是个hole,现在有改进的思路么？
【 在 dayhoff (愤怒的小马) 的大作中提到: 】
: The assumption of independent replacements among sites is a big hole in
: current phylogenetic inference. I will rank it as No. 2 hole.
: I think people realized that this assumption is not realistic but
: incorporating other information (e.g., protein tertiary structure) may make
: the model overparameterized and not computationally feasible for practical
: analysis.
: BTW, I like this book, quite good. Also you can download their datasets to
: play.
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作者 dayhoff (愤怒的小马), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 生统与进化入门感想[一]
时间 北大未名站 (2003年10月10日02:02:24 星期五), 转信
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one of my American "shi xiong" just get one publication on this topic. The
algorithm is not practical at all at this time.
I think everyone in evolution area know this hole so they do not want to
mention it too much, haha
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 哪里，哪里？我马上去下光他，呵呵
: 对了，既然这个是个hole,现在有改进的思路么？
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 生统与进化入门感想[一]
时间 北大未名站 (2003年10月10日02:05:18 星期五) , 站内信件
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这个Masatoshi Nei前几天来北大做报告时我是去听了，不过日本人的英文实在是。。。
除了ppt上面我能看得见的部分（因为偶去迟了只好站在旁边），我只听懂了他的一个意
思，就是讲研究进化，搞动物的要了解一点植物，反之亦然。（接受shame，尽管偶对自
己的听力还比较自信）。
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: phylogenetics》,中文版的，因为觉得入门的时候，看太多的英文有点难消化。
: 看到书上说蛋白的进化的数学模型，居然比DNA的要简单很多，开始是不大理解的，因为
: ，核酸只有四种，而氨基酸，有20个。不过今天终于明白，蛋白不过是genome的编码区的
: 表达产物，而核酸的进化，除了有同义和非同义的替代，编码区，非编码区的进化模式，
: 都不尽相同的。
: 描述蛋白进化中，氨基酸的距离采用柏松分布校正。这个起初也不理解，看生统的柏松分
: 布的条件，有三：
: 1.事件每次出现一个，没有同时出现两个的；
: 2.事件的发生是独立的；
: 3.在一定时间内的期望值是定数。
: ...........................
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作者 dayhoff (愤怒的小马), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 生统与进化入门感想[一]
时间 北大未名站 (2003年10月10日02:09:10 星期五), 转信
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Kimura's English might be much worse then ......
Kumar just came and gave a talk at the end of September.
The English of Indian is still aweful to me, wahahaha
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 这个Masatoshi Nei前几天来北大做报告时我是去听了，不过日本人的英文实在是。。。
: 除了ppt上面我能看得见的部分（因为偶去迟了只好站在旁边），我只听懂了他的一个意
: 思，就是讲研究进化，搞动物的要了解一点植物，反之亦然。（接受shame，尽管偶对自
: 己的听力还比较自信）。
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作者 dayhoff (愤怒的小马), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 生统与进化入门感想[一]
时间 北大未名站 (2003年10月10日02:13:23 星期五), 转信
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http://lsvl.la.asu.edu/mep/
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 哪里，哪里？我马上去下光他，呵呵
: 对了，既然这个是个hole,现在有改进的思路么？
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作者 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 生统与进化入门感想[一]
时间 北大未名站 (2003年10月10日02:31:11 星期五), 转信
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呵呵，我是greenhand啊，所以什么样的stupid问题都会问问的。
【 在 dayhoff (愤怒的小马) 的大作中提到: 】
one of my American "shi xiong" just get one publication on this topic. The
algorithm is not practical at all at this time.
I think everyone in evolution area know this hole so they do not want to
mention it too much, haha
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 哪里，哪里？我马上去下光他，呵呵
: 对了，既然这个是个hole,现在有改进的思路么？
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作者 dayhoff (愤怒的小马), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 生统与进化入门感想[一]
时间 北大未名站 (2003年10月10日02:33:05 星期五), 转信
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well, I am not saying that you should not ask this question ......
just say everyone avoid this question if they can not sovle it very well.
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 呵呵，我是greenhand啊，所以什么样的stupid问题都会问问的。
: one of my American "shi xiong" just get one publication on this topic. The
: algorithm is not practical at all at this time.
: I think everyone in evolution area know this hole so they do not want to
: mention it too much, haha
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作者 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 生统与进化入门感想[一]
时间 北大未名站 (2003年10月10日02:34:05 星期五), 转信
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nod~!日本人的英语跟狗叫差不太多，看来dog genome的测序对理解日本人的进化历史有
帮助哦。
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
这个Masatoshi Nei前几天来北大做报告时我是去听了，不过日本人的英文实在是。。。
除了ppt上面我能看得见的部分（因为偶去迟了只好站在旁边），我只听懂了他的一个意
思，就是讲研究进化，搞动物的要了解一点植物，反之亦然。（接受shame，尽管偶对自
己的听力还比较自信）。
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: phylogenetics》,中文版的，因为觉得入门的时候，看太多的英文有点难消化。
: 看到书上说蛋白的进化的数学模型，居然比DNA的要简单很多，开始是不大理解的，因为
: ，核酸只有四种，而氨基酸，有20个。不过今天终于明白，蛋白不过是genome的编码区的
: 表达产物，而核酸的进化，除了有同义和非同义的替代，编码区，非编码区的进化模式，
: 都不尽相同的。
: 描述蛋白进化中，氨基酸的距离采用柏松分布校正。这个起初也不理解，看生统的柏松分
: 布的条件，有三：
: 1.事件每次出现一个，没有同时出现两个的；
: 2.事件的发生是独立的；
: 3.在一定时间内的期望值是定数。
: ...........................
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作者 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 生统与进化入门感想[一]
时间 北大未名站 (2003年10月10日02:35:26 星期五), 转信
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你可以用chinglish去反击啊。。。这样，kimura / Kumar回去之后就会说：这个中国人
把我搞死了。。。。哈哈。
【 在 dayhoff (愤怒的小马) 的大作中提到: 】
Kimura's English might be much worse then ......
Kumar just came and gave a talk at the end of September.
The English of Indian is still aweful to me, wahahaha
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 这个Masatoshi Nei前几天来北大做报告时我是去听了，不过日本人的英文实在是。。。
: 除了ppt上面我能看得见的部分（因为偶去迟了只好站在旁边），我只听懂了他的一个意
: 思，就是讲研究进化，搞动物的要了解一点植物，反之亦然。（接受shame，尽管偶对自
: 己的听力还比较自信）。
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作者 dayhoff (愤怒的小马), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 生统与进化入门感想[一]
时间 北大未名站 (2003年10月10日02:36:20 星期五), 转信
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Kimura passed away long time ago, I think
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 你可以用chinglish去反击啊。。。这样，kimura / Kumar回去之后就会说：这个中国人
: 把我搞死了。。。。哈哈。
: Kimura's English might be much worse then ......
: Kumar just came and gave a talk at the end of September.
: The English of Indian is still aweful to me, wahahaha
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作者 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 生统与进化入门感想[一]
时间 北大未名站 (2003年10月10日02:37:19 星期五), 转信
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哦，我知道你的意思，无所谓。这个问题只是随便问问，帮助自己的理解。对我而言，统
计学起来还是很费劲的。
【 在 dayhoff (愤怒的小马) 的大作中提到: 】
well, I am not saying that you should not ask this question ......
just say everyone avoid this question if they can not sovle it very well.
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 呵呵，我是greenhand啊，所以什么样的stupid问题都会问问的。
: one of my American "shi xiong" just get one publication on this topic. The
: algorithm is not practical at all at this time.
: I think everyone in evolution area know this hole so they do not want to
: mention it too much, haha
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作者 dayhoff (愤怒的小马), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 生统与进化入门感想[一]
时间 北大未名站 (2003年10月10日02:39:33 星期五), 转信
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Nei's "neighbor joining algorithm" paper got cited more than 9600 times
since 1987
check the citation numbers of professors around you
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: nod~!日本人的英语跟狗叫差不太多，看来dog genome的测序对理解日本人的进化历史有
: 帮助哦。
: 这个Masatoshi Nei前几天来北大做报告时我是去听了，不过日本人的英文实在是。。。
: 除了ppt上面我能看得见的部分（因为偶去迟了只好站在旁边），我只听懂了他的一个意
: 思，就是讲研究进化，搞动物的要了解一点植物，反之亦然。（接受shame，尽管偶对自
: 己的听力还比较自信）。
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作者 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 生统与进化入门感想[一]
时间 北大未名站 (2003年10月10日02:43:00 星期五), 转信
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这个东东太经常看见了，虽然对它的批评也是比较多。今天多谢你的指点，我去看书了，
呵呵。
【 在 dayhoff (愤怒的小马) 的大作中提到: 】
: Nei's "neighbor joining algorithm" paper got cited more than 9600 times
: since 1987
: check the citation numbers of professors around you
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作者 newjun (闲), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 生统与进化入门感想[一]
时间 北大未名站 (2003年10月10日10:07:15 星期五) , 站内信件
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but Wen-Hsiung Li's Molecular Evolution 在中国找不到
【 在 brutal (汗汗) 的大作中提到: 】
: I don't know much of protein evolution study. However, it can only count the
: nonsynonymous changes. The synonymous changes are obscured. Although Nei M
: at the protein level is seldom used. On the other side, Ka and Ks at the nuc
: BTW: Nei's book is a good one, but Wen-Hsiung Li's Molecular Evolution is bet
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作者 dayhoff (愤怒的小马), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 生统与进化入门感想[一]
时间 北大未名站 (2003年10月10日12:05:10 星期五) , 站内信件
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rumor is a rumor ......
谣言还说你老板和Nei关系很烂,最后日本老头只能去宾州的雪地那么惨
给讲些故事吧 ......
【 在 brutal (汗汗) 的大作中提到: 】
: Rumor says previously, if you do phylogenetic work and did not use Nei's NJ m
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作者 dayhoff (愤怒的小马), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 生统与进化入门感想[一]
时间 北大未名站 (2003年10月10日12:10:32 星期五) , 站内信件
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for protein sequences, codon based model incorporating tertiary structure mig
ht be a way to go.
【 在 brutal (汗汗) 的大作中提到: 】
: Yes. Among sites, the assumption of independent substitution is a hole, beca
: use you don't know the frequency of recombination(linkage disequilibrium), an
: d the effect of hitchhiking or background selection. However, there seems n
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作者 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 生统与进化入门感想[一]
时间 北大未名站 (2003年10月10日12:38:22 星期五), 转信
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呵呵，果然是。。。虽然不经常来，来了就有精彩指点。
【 在 brutal (汗汗) 的大作中提到: 】
I don't know much of protein evolution study. However, it can only count the
nonsynonymous changes. The synonymous changes are obscured. Although Nei M
revolutionarily proposed the concept of genetic distances, now the distance
at the protein level is seldom used. On the other side, Ka and Ks at the nuc
leotide level is much informative.
BTW: Nei's book is a good one, but Wen-Hsiung Li's Molecular Evolution is bet
ter.
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: phylogenetics》,中文版的，因为觉得入门的时候，看太多的英文有点难消化。
: 看到书上说蛋白的进化的数学模型，居然比DNA的要简单很多，开始是不大理解的，因为
: ，核酸只有四种，而氨基酸，有20个。不过今天终于明白，蛋白不过是genome的编码区的
: 表达产物，而核酸的进化，除了有同义和非同义的替代，编码区，非编码区的进化模式，
: 都不尽相同的。
: 描述蛋白进化中，氨基酸的距离采用柏松分布校正。这个起初也不理解，看生统的柏松分
: 布的条件，有三：
: 1.事件每次出现一个，没有同时出现两个的；
: 2.事件的发生是独立的；
: 3.在一定时间内的期望值是定数。
: ...........................
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作者 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 生统与进化入门感想[一]
时间 北大未名站 (2003年10月10日12:39:36 星期五), 转信
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给个电子版吧。
【 在 brutal (汗汗) 的大作中提到: 】
In the national library, you might find a copy. There is ever a Chinese vers
ion named Sheng Wu Duo Yang Xing Yi Chong. But many contents are ommitted.
【 在 newjun (闲) 的大作中提到: 】
: but Wen-Hsiung Li's Molecular Evolution 在中国找不到
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作者 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 生统与进化入门感想[一]
时间 北大未名站 (2003年10月10日12:41:55 星期五), 转信
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这个。。。就好像做比对不用blast就不能发文章一样。
【 在 brutal (汗汗) 的大作中提到: 】
Rumor says previously, if you do phylogenetic work and did not use Nei's NJ m
ethod, journals will not accept it. Now it seems PAML is more fancy.
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 这个东东太经常看见了，虽然对它的批评也是比较多。今天多谢你的指点，我去看书了，
: 呵呵。
Nei's "neighbor joining algorithm" paper got cited more than 9600 times
: since 1987
: check the citation numbers of professors around you
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作者 hek (From CS to DS), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 生统与进化入门感想[一]
时间 北大未名站 (2003年10月10日22:28:34 星期五), 转信
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他的英语确实有些可怕，日本人大多都这样。呵呵
第二天陪他去了长城，好多单词都要他拼写出来我才恍然大悟。不过他
自己也知道这个问题，坦诚说当初刚刚到美国的时候，跟别人根本无法
交流，很是痛苦。“幸亏我还能写英语”，这是他的原话，:)
看来母语非英语的人都难免过这关，哪怕是大科学家。
他的报告实在没讲什么东西，主要是他的一个博士生的关于MADS-Box的
论文，已经发表了。目前他有两个博士生和两个博士后，其中一个女
博士生是北大戴灼华老师实验室出去的，在做一个什么激素的进化研究。
另外一个博士在做MADS-box，博士后好像在做Mouse和人类基因组的比较研究。
Masatoshi还是很和善的，对中国也很友好，在给我的mail中他还称赞了
长城是中国的伟大奇迹，而中国也必定在科学界会有重要的角色。
我还在等他许给我的一本原著呢，^_^
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 这个Masatoshi Nei前几天来北大做报告时我是去听了，不过日本人的英文实在是。。。
: 除了ppt上面我能看得见的部分（因为偶去迟了只好站在旁边），我只听懂了他的一个意
: 思，就是讲研究进化，搞动物的要了解一点植物，反之亦然。（接受shame，尽管偶对自
: 己的听力还比较自信）。
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 生统与进化入门感想[一]
时间 北大未名站 (2003年10月10日22:56:14 星期五), 转信
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偶就记得最后有一个哥们问建树的时候哪种算法最好，举了一堆候选，老头犹豫又支支吾
吾了半天，说他觉得还是NJ method最好，我就在一边偷笑了，呵呵
【 在 hek (From CS to DS) 的大作中提到: 】
: 他的英语确实有些可怕，日本人大多都这样。呵呵
: 第二天陪他去了长城，好多单词都要他拼写出来我才恍然大悟。不过他
: 自己也知道这个问题，坦诚说当初刚刚到美国的时候，跟别人根本无法
: 交流，很是痛苦。“幸亏我还能写英语”，这是他的原话，:)
: 看来母语非英语的人都难免过这关，哪怕是大科学家。
: 他的报告实在没讲什么东西，主要是他的一个博士生的关于MADS-Box的
: 论文，已经发表了。目前他有两个博士生和两个博士后，其中一个女
: 博士生是北大戴灼华老师实验室出去的，在做一个什么激素的进化研究。
: 另外一个博士在做MADS-box，博士后好像在做Mouse和人类基因组的比较研究。
: Masatoshi还是很和善的，对中国也很友好，在给我的mail中他还称赞了
: ...........................
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作者 dayhoff (愤怒的小马), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 生统与进化入门感想[一]
时间 北大未名站 (2003年10月10日23:00:43 星期五), 转信
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Huelsenbeck once had a paper to compare different tree reconstruction
methods for many datasets. They showed NJ is best for a narrow region
compared to ML or Bayesian.
Fortunately the datasets Nei used in his previous studies are almost all in
this region ......
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 偶就记得最后有一个哥们问建树的时候哪种算法最好，举了一堆候选，老头犹豫又支支吾
: 吾了半天，说他觉得还是NJ method最好，我就在一边偷笑了，呵呵
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作者 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 生统与进化入门感想[一]
时间 北大未名站 (2003年10月10日23:14:59 星期五), 转信
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呵呵，真是ft。。。
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
偶就记得最后有一个哥们问建树的时候哪种算法最好，举了一堆候选，老头犹豫又支支吾
吾了半天，说他觉得还是NJ method最好，我就在一边偷笑了，呵呵
【 在 hek (From CS to DS) 的大作中提到: 】
: 他的英语确实有些可怕，日本人大多都这样。呵呵
: 第二天陪他去了长城，好多单词都要他拼写出来我才恍然大悟。不过他
: 自己也知道这个问题，坦诚说当初刚刚到美国的时候，跟别人根本无法
: 交流，很是痛苦。“幸亏我还能写英语”，这是他的原话，:)
: 看来母语非英语的人都难免过这关，哪怕是大科学家。
: 他的报告实在没讲什么东西，主要是他的一个博士生的关于MADS-Box的
: 论文，已经发表了。目前他有两个博士生和两个博士后，其中一个女
: 博士生是北大戴灼华老师实验室出去的，在做一个什么激素的进化研究。
: 另外一个博士在做MADS-box，博士后好像在做Mouse和人类基因组的比较研究。
: Masatoshi还是很和善的，对中国也很友好，在给我的mail中他还称赞了
: ...........................
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作者 hek (From CS to DS), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 生统与进化入门感想[一]
时间 北大未名站 (2003年10月10日23:20:42 星期五), 转信
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//nod
他还是很自负的。
有资本啊
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 偶就记得最后有一个哥们问建树的时候哪种算法最好，举了一堆候选，老头犹豫又支支吾
: 吾了半天，说他觉得还是NJ method最好，我就在一边偷笑了，呵呵
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2004/9/23 2:05:00
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