[合集]为什么NCBI SOFTWARE DEVELOP
发信人: kingsyl (Molecular Machine To Be Studied), 信区: Bioinformatics
标 题: [合集]为什么NCBI SOFTWARE DEVELOP
发信站: 北大未名站 (2004年03月21日20:23:17 星期天), 站内信件
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作者 kingsyl (Molecular Machine To Be Studied), 信区: Bioinformatics
标题 [合集]为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMEN
时间 北大未名站 (2004年03月21日20:20:01 星期天), 站内信件
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作者 chiche (chiche), 信区: Bioinformatics
标题 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT用vc打不开？
时间 北大未名站 (2003年10月10日22:06:04 星期五) , 站内信件
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为什么下载的＂NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT＂用vc打不开？另外，请教以下为
什么做生物信息学都推荐perl,php？c/c++不行吗？我是学免疫的，一开始到现在都是用
c/c++(vc)开发，现在想学习生物信息学，不是很清楚．谢谢！！
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作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT用vc?..
时间 北大未名站 (2003年10月10日22:10:18 星期五), 转信
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用什么工具本来没什么, 关键在于前人的积累. 你如果不嫌麻烦什么都准备从头写或者
本来也没有工具或者库可以利用的话, 那自然随便你用什么都成
【 在 chiche (chiche) 的大作中提到: 】
: 为什么下载的＂NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT＂用vc打不开？另外，请教以下为
: 什么做生物信息学都推荐perl,php？c/c++不行吗？我是学免疫的，一开始到现在都是用
: c/c++(vc)开发，现在想学习生物信息学，不是很清楚．谢谢！！
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作者 chiche (chiche), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT用vc?..
时间 北大未名站 (2003年10月10日22:18:02 星期五) , 站内信件
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如果进行生物信息学分析的话，很多地方要自己编程实现吗？生物信息学的算法用那种语
言实现更容易一些？
如果想开发生物信息学的软件，该如何利用数据库的资源？
那现在生物信息学方面是linux下的资源比较多 是吧？
【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 用什么工具本来没什么, 关键在于前人的积累. 你如果不嫌麻烦什么都准备从头写或者
: 本来也没有工具或者库可以利用的话, 那自然随便你用什么都成
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作者 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?..
时间 北大未名站 (2003年10月10日22:22:32 星期五), 站内信件
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资源定义太不确定了。 数据库之类的数据不分平台吧。 代码可能会有一些依赖平台。
算法和平台没有什么关系吧 。 我看到的文章好多使用java, c, c++, perl,fortran 等等
只要有算法，想办法实现就行了。
【 在 chiche (chiche) 的大作中提到: 】
: 如果进行生物信息学分析的话，很多地方要自己编程实现吗？生物信息学的算法用那种语
: 言实现更容易一些？
: 如果想开发生物信息学的软件，该如何利用数据库的资源？
: 那现在生物信息学方面是linux下的资源比较多 是吧？
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作者 chiche (chiche), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT用vc打不开？
时间 北大未名站 (2003年10月10日22:23:26 星期五) , 站内信件
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下面是摘录的说明文件：
NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT
National Center for Biotechnology Information
Bldg 38A, NIH
8600 Rockville Pike
Bethesda, MD 20894
＂The NCBI Software Development Toolkit was developed for the production and
distribution of GenBank, Entrez, BLAST, and related services by NCBI. We make
it freely available to the public without restriction to facilitate the use
of NCBI by the scientific community. However, please understand that while we
feel we have done a high quality job, this is not commercial software. The d
ocumentation lags considerably behind the software and we must make any chang
es required by our data production needs. Nontheless, many people have found
it a useful and stable basis for a number of tools and applications.
The toolkit is available by anonymous
ftp from ftp.ncbi.nih.gov
cd toolbox
cd ncbi_tools
bin
get ncbi.tar.Z (compressed UNIX tar file)
quit＂
【 在 chiche (chiche) 的大作中提到: 】
: 为什么下载的＂NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT＂用vc打不开？另外，请教以下为
: 什么做生物信息学都推荐perl,php？c/c++不行吗？我是学免疫的，一开始到现在都是用
: c/c++(vc)开发，现在想学习生物信息学，不是很清楚．谢谢！！
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作者 hek (From CS to DS), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?..
时间 北大未名站 (2003年10月10日22:31:00 星期五), 转信
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【 在 kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢) 的大作中提到: 】
: 资源定义太不确定了。 数据库之类的数据不分平台吧。 代码可能会有一些依赖平台。
: 算法和平台没有什么关系吧 。 我看到的文章好多使用java, c, c++, perl,fortran 等等
: 只要有算法，想办法实现就行了。
//nod，没有什么语言是最好的，只有最适合你的。
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作者 hek (From CS to DS), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT用vc?..
时间 北大未名站 (2003年10月10日22:35:01 星期五), 转信
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建议你看一下前面一篇关于c/c++和VC关系的文章。VC只是众多C/C++开发环境
之一。所以即使你用c/c++，也未必非要用VC。
【 在 chiche (chiche) 的大作中提到: 】
: 为什么下载的＂NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT＂用vc打不开？另外，请教以下为
: 什么做生物信息学都推荐perl,php？c/c++不行吗？我是学免疫的，一开始到现在都是用
: c/c++(vc)开发，现在想学习生物信息学，不是很清楚．谢谢！！
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作者 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?..
时间 北大未名站 (2003年10月10日22:53:40 星期五), 转信
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nod,nod,c/c++的库哪里有啊？不多了。perl的库到处都有。而且不过是处理文本之类的
东西，perl够了。
当然做算法，还是c好。
【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 用什么工具本来没什么, 关键在于前人的积累. 你如果不嫌麻烦什么都准备从头写或者
: 本来也没有工具或者库可以利用的话, 那自然随便你用什么都成
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作者 kokolu (岁月如歌), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT用vc?..
时间 北大未名站 (2003年10月10日23:25:28 星期五), 转信
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传说中这是一个非常好用的东东……
【 在 chiche (chiche) 的大作中提到: 】
: 为什么下载的＂NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT＂用vc打不开？另外，请教以下为
: 什么做生物信息学都推荐perl,php？c/c++不行吗？我是学免疫的，一开始到现在都是用
: c/c++(vc)开发，现在想学习生物信息学，不是很清楚．谢谢！！
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作者 hek (From CS to DS), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?..
时间 北大未名站 (2003年10月10日23:26:49 星期五), 转信
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zerobug赞不绝口啊，呵呵
不过难得它是开放源码的，而且用c/c++的话确实也算难得的一些生物方面的
库了。
【 在 kokolu (岁月如歌) 的大作中提到: 】
: 传说中这是一个非常好用的东东……
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?..
时间 北大未名站 (2003年10月10日23:28:36 星期五), 转信
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呵呵，偶觉得如果偶做bioinfor已经到了要用c来写程序的时候了，偶估计已经是老板了
。。。（哎哟，谁的瓜皮。。。）
【 在 kokolu (岁月如歌) 的大作中提到: 】
: 传说中这是一个非常好用的东东……
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作者 hek (From CS to DS), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?..
时间 北大未名站 (2003年10月10日23:30:18 星期五), 转信
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也是，一般来说，除非大程序，不然还是perl或者python比较多。
而且现在好多人喜欢用Java，:)
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 呵呵，偶觉得如果偶做bioinfor已经到了要用c来写程序的时候了，偶估计已经是老板了
: 。。。（哎哟，谁的瓜皮。。。）
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作者 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?..
时间 北大未名站 (2003年10月10日23:45:40 星期五), 转信
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哈，我觉得我要是用到c，就可以。。。到下辈子了。
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
呵呵，偶觉得如果偶做bioinfor已经到了要用c来写程序的时候了，偶估计已经是老板了
。。。（哎哟，谁的瓜皮。。。）
【 在 kokolu (岁月如歌) 的大作中提到: 】
: 传说中这是一个非常好用的东东……
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作者 invoker (junkDNA), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?..
时间 北大未名站 (2003年10月11日12:52:06 星期六), 转信
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老板还需要亲自coding?
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 呵呵，偶觉得如果偶做bioinfor已经到了要用c来写程序的时候了，偶估计已经是老板了
: 。。。（哎哟，谁的瓜皮。。。）
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作者 sunzx (『radiboga』@^@), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?..
时间 北大未名站 (2003年10月11日12:59:40 星期六), 转信
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C/Fortran都不错.
C++太慢,尤其是如果你对它的特性不甚了解的话
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: nod,nod,c/c++的库哪里有啊？不多了。perl的库到处都有。而且不过是处理文本之类的
: 东西，perl够了。
: 当然做算法，还是c好。
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作者 kokolu (岁月如歌), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?..
时间 北大未名站 (2003年10月11日13:53:50 星期六), 转信
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【 在 sunzx (『radiboga』@^@) 的大作中提到: 】
: C/Fortran都不错.
: C++太慢,尤其是如果你对它的特性不甚了解的话
~~~~~你是说用c＋＋写程序慢，还是c＋＋编出的程序运行慢啊？
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作者 sunzx (『radiboga』@^@), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?..
时间 北大未名站 (2003年10月11日14:07:00 星期六), 转信
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后者,不过你优化的好的话这个问题可以解决.
写程序的话
偶觉得用oop风格写三千行以下的程序并不能体现出其优点
这边在设计对象的时候那边的程序就已经写完了.
【 在 kokolu (岁月如歌) 的大作中提到: 】
: ~~~~~你是说用c＋＋写程序慢，还是c＋＋编出的程序运行慢啊？
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作者 yix (Punk), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?..
时间 北大未名站 (2003年10月11日14:48:50 星期六), 转信
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but i still feel it looks better
i am a little tired of PERL now
i am right now re-writing a bunch of my code with C++
thinking of distributing it...
【 在 sunzx (『radiboga』@^@) 的大作中提到: 】
: 后者,不过你优化的好的话这个问题可以解决.
: 写程序的话
: 偶觉得用oop风格写三千行以下的程序并不能体现出其优点
: 这边在设计对象的时候那边的程序就已经写完了.
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作者 sunzx (『radiboga』@^@), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?..
时间 北大未名站 (2003年10月11日14:51:03 星期六), 转信
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如果没有对你做的数据结构的详细的说明的话看起来也好不到哪里吧?
【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
: but i still feel it looks better
: i am a little tired of PERL now
: i am right now re-writing a bunch of my code with C++
: thinking of distributing it...
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作者 yix (Punk), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?..
时间 北大未名站 (2003年10月11日14:55:41 星期六), 转信
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agree.
but just feel c code looks neat
【 在 sunzx (『radiboga』@^@) 的大作中提到: 】
: 如果没有对你做的数据结构的详细的说明的话看起来也好不到哪里吧?
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作者 sunzx (『radiboga』@^@), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?..
时间 北大未名站 (2003年10月11日15:59:55 星期六), 转信
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呵呵,萝卜白菜各有所爱了.
【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
: agree.
: but just feel c code looks neat
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作者 invoker (junkDNA), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?..
时间 北大未名站 (2003年10月11日17:27:01 星期六), 转信
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COOL!
But I think it must be very boring.
【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
: but i still feel it looks better
: i am a little tired of PERL now
: i am right now re-writing a bunch of my code with C++
: thinking of distributing it...
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作者 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?..
时间 北大未名站 (2003年10月11日18:47:36 星期六), 转信
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我要!!!
不过这样有什么好处?要是OOP用java岂不是比C++来的方便?
看不出很大的好处.
【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
but i still feel it looks better
i am a little tired of PERL now
i am right now re-writing a bunch of my code with C++
thinking of distributing it...
【 在 sunzx (『radiboga』@^@) 的大作中提到: 】
: 后者,不过你优化的好的话这个问题可以解决.
: 写程序的话
: 偶觉得用oop风格写三千行以下的程序并不能体现出其优点
: 这边在设计对象的时候那边的程序就已经写完了.
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作者 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?..
时间 北大未名站 (2003年10月11日18:49:13 星期六), 转信
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nod,nod,C++烦死了,还是perl简单.
【 在 invoker (junkDNA) 的大作中提到: 】
COOL!
But I think it must be very boring.
【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
: but i still feel it looks better
: i am a little tired of PERL now
: i am right now re-writing a bunch of my code with C++
: thinking of distributing it...
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作者 sunzx (『radiboga』@^@), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?..
时间 北大未名站 (2003年10月11日22:13:01 星期六), 转信
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Java太慢.
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 我要!!!
: 不过这样有什么好处?要是OOP用java岂不是比C++来的方便?
: 看不出很大的好处.
: but i still feel it looks better
: i am a little tired of PERL now
: i am right now re-writing a bunch of my code with C++
: thinking of distributing it...
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作者 yix (Punk), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?..
时间 北大未名站 (2003年10月12日15:39:12 星期天), 转信
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our other core algorithms are written in c
so better stick to c coz i need to use those libraries abd functions
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 我要!!!
: 不过这样有什么好处?要是OOP用java岂不是比C++来的方便?
: 看不出很大的好处.
: but i still feel it looks better
: i am a little tired of PERL now
: i am right now re-writing a bunch of my code with C++
: thinking of distributing it...
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作者 kingsyl (Molecular Machine To Be Studied), 信区: Bioinformatics
标题 [合集]为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMEN
时间 北大未名站 (2004年03月21日20:21:40 星期天), 站内信件
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作者 yix (Punk), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?..
时间 北大未名站 (2003年10月11日13:16:08 星期六) , 站内信件
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我们老板就还自己coding, 不过越来越少了
【 在 invoker (junkDNA) 的大作中提到: 】
: 老板还需要亲自coding?
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作者 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?..
时间 北大未名站 (2003年10月11日18:46:12 星期六), 转信
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你老板做的那个很值钱的软件你怎么不说了?现在要做软件,很少能卖到那么贵了吧.
【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
我们老板就还自己coding, 不过越来越少了
【 在 invoker (junkDNA) 的大作中提到: 】
: 老板还需要亲自coding?
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作者 dayhoff (愤怒的小马), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?..
时间 北大未名站 (2003年10月11日20:38:14 星期六) , 站内信件
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what software?
@@
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 你老板做的那个很值钱的软件你怎么不说了?现在要做软件,很少能卖到那么贵了吧.
: 我们老板就还自己coding, 不过越来越少了
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作者 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?..
时间 北大未名站 (2003年10月11日20:47:49 星期六), 转信
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GeneMine,呵呵。说明书太长了。
【 在 dayhoff (愤怒的小马) 的大作中提到: 】
what software?
@@
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 你老板做的那个很值钱的软件你怎么不说了?现在要做软件,很少能卖到那么贵了吧.
: 我们老板就还自己coding, 不过越来越少了
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作者 dayhoff (愤怒的小马), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?..
时间 北大未名站 (2003年10月11日21:08:33 星期六) , 站内信件
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the first google result
GeneMine: Free at last!
Now it is a commercial?
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: GeneMine,呵呵。说明书太长了。
: what software?
: @@
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作者 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?..
时间 北大未名站 (2003年10月11日22:29:51 星期六), 转信
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1991年的时候很贵，都很多年了。。。
【 在 dayhoff (愤怒的小马) 的大作中提到: 】
the first google result
GeneMine: Free at last!
Now it is a commercial?
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: GeneMine,呵呵。说明书太长了。
: what software?
: @@
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?..
时间 北大未名站 (2003年10月11日23:19:05 星期六), 转信
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91年。。。sigh，现在一个DNA Tool拿到那个时候估计也能卖几十K刀。
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 1991年的时候很贵，都很多年了。。。
: the first google result
: GeneMine: Free at last!
: Now it is a commercial?
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作者 kingsyl (Molecular Machine To Be Studied), 信区: Bioinformatics
标题 [合集]为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMEN
时间 北大未名站 (2004年03月21日20:22:24 星期天), 站内信件
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作者 dayhoff (愤怒的小马), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?..
时间 北大未名站 (2003年10月11日20:37:20 星期六) , 站内信件
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speed
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 我要!!!
: 不过这样有什么好处?要是OOP用java岂不是比C++来的方便?
: 看不出很大的好处.
: but i still feel it looks better
: i am a little tired of PERL now
: i am right now re-writing a bunch of my code with C++
: thinking of distributing it...
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作者 dayhoff (愤怒的小马), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?..
时间 北大未名站 (2003年10月11日20:40:40 星期六) , 站内信件
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you can also make an awfully slow c program
【 在 sunzx (『radiboga』@^@) 的大作中提到: 】
: C/Fortran都不错.
: C++太慢,尤其是如果你对它的特性不甚了解的话
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作者 dayhoff (愤怒的小马), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?..
时间 北大未名站 (2003年10月11日20:42:34 星期六) , 站内信件
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if you have made everything work with perl, why bother to rewrite?
【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
: but i still feel it looks better
: i am a little tired of PERL now
: i am right now re-writing a bunch of my code with C++
: thinking of distributing it...
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作者 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?..
时间 北大未名站 (2003年10月11日20:47:23 星期六), 转信
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java只是编译慢吧，运行起来也很慢么？
【 在 dayhoff (愤怒的小马) 的大作中提到: 】
speed
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 我要!!!
: 不过这样有什么好处?要是OOP用java岂不是比C++来的方便?
: 看不出很大的好处.
: but i still feel it looks better
: i am a little tired of PERL now
: i am right now re-writing a bunch of my code with C++
: thinking of distributing it...
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作者 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?..
时间 北大未名站 (2003年10月11日20:51:26 星期六), 转信
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不知道他要做什么，perl不用改用C,真是，。。。
不过事先说明，如果做出来的代码能够distribute的话，我一定要，呵呵。
【 在 dayhoff (愤怒的小马) 的大作中提到: 】
if you have made everything work with perl, why bother to rewrite?
【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
: but i still feel it looks better
: i am a little tired of PERL now
: i am right now re-writing a bunch of my code with C++
: thinking of distributing it...
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作者 dayhoff (愤怒的小马), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?.
时间 北大未名站 (2003年10月11日21:07:36 星期六) , 站内信件
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慢
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: java只是编译慢吧，运行起来也很慢么？
: speed
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作者 hek (From CS to DS), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?..
时间 北大未名站 (2003年10月11日21:09:53 星期六), 转信
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要讲快，绝对都没有C快。
Java程序每次运行都要通过虚拟机，当然慢很多。
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: java只是编译慢吧，运行起来也很慢么？
: speed
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作者 dayhoff (愤怒的小马), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?.
时间 北大未名站 (2003年10月11日21:10:35 星期六) , 站内信件
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e.g., if you are using MCMC, then c/c++ programming is a must.
If perl or java is already ok, then c/c++ is not necessary.
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 不知道他要做什么，perl不用改用C,真是，。。。
: 不过事先说明，如果做出来的代码能够distribute的话，我一定要，呵呵。
: if you have made everything work with perl, why bother to rewrite?
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作者 dayhoff (愤怒的小马), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?.
时间 北大未名站 (2003年10月11日21:11:34 星期六) , 站内信件
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nod
and the programmer is the most important ......
【 在 hek (From CS to DS) 的大作中提到: 】
: 要讲快，绝对都没有C快。
: Java程序每次运行都要通过虚拟机，当然慢很多。
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作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?..
时间 北大未名站 (2003年10月11日21:13:39 星期六), 转信
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快慢首先是算法其次是算法实现然后是编译器最后才是语言的问题
【 在 hek (From CS to DS) 的大作中提到: 】
: 要讲快，绝对都没有C快。
: Java程序每次运行都要通过虚拟机，当然慢很多。
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作者 hek (From CS to DS), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?.
时间 北大未名站 (2003年10月11日21:18:14 星期六), 转信
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比较语言的话，当然假定前面的几个都相当了。
不然肯定没意义
我并不反对或歧视任何编程语言，当面向对象的语言会损失速度这是
不争的事实，特别对Java来说。比C++多了一个虚拟机模式，为了
跨平台的方便，更损失了速度。
需要说明的是，如今的计算机的速度越来越快，以至于许多事情并
不一定要求语言的效率多高。所以Java自有其存在的价值，而且价值
也真不小。这与它慢不矛盾
【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 快慢首先是算法其次是算法实现然后是编译器最后才是语言的问题
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作者 dayhoff (愤怒的小马), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?.
时间 北大未名站 (2003年10月11日21:18:57 星期六) , 站内信件
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right
but still no one use java in computationally intensive project ba
【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 快慢首先是算法其次是算法实现然后是编译器最后才是语言的问题
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作者 dayhoff (愤怒的小马), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?.
时间 北大未名站 (2003年10月11日21:20:01 星期六) , 站内信件
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nod
it's kind of trade off
【 在 hek (From CS to DS) 的大作中提到: 】
: 比较语言的话，当然假定前面的几个都相当了。
: 不然当然没意义
: 我并不反对或歧视任何编程语言，当面向对象的语言会损失速度这是
: 不争的事实，特别对Java来说。比C++多了一个虚拟机模式，为了
: 跨平台的方便，更损失了速度。
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作者 sunzx (『radiboga』@^@), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?..
时间 北大未名站 (2003年10月11日22:13:58 星期六), 转信
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把C程序写得这么慢需要水平
而且需要的这个水平不比把C++程序写快的水平更低
【 在 dayhoff (愤怒的小马) 的大作中提到: 】
: you can also make an awfully slow c program
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作者 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?.
时间 北大未名站 (2003年10月11日22:29:35 星期六), 转信
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是啊，我是打算用MCMC的，perl不可以么？
【 在 dayhoff (愤怒的小马) 的大作中提到: 】
e.g., if you are using MCMC, then c/c++ programming is a must.
If perl or java is already ok, then c/c++ is not necessary.
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 不知道他要做什么，perl不用改用C,真是，。。。
: 不过事先说明，如果做出来的代码能够distribute的话，我一定要，呵呵。
: if you have made everything work with perl, why bother to rewrite?
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作者 dayhoff (愤怒的小马), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?.
时间 北大未名站 (2003年10月11日23:17:56 星期六) , 站内信件
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seems you are pretty confident in the other people
【 在 sunzx (『radiboga』@^@) 的大作中提到: 】
: 把C程序写得这么慢需要水平
: 而且需要的这个水平不比把C++程序写快的水平更低
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作者 dayhoff (愤怒的小马), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?
时间 北大未名站 (2003年10月11日23:21:46 星期六) , 站内信件
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you can try, I have no idea
it's not unusual if a MCMC program will run at least one week (programmed in
c/c++), I do see people use perl to do MCMC homework though.
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 是啊，我是打算用MCMC的，perl不可以么？
: e.g., if you are using MCMC, then c/c++ programming is a must.
: If perl or java is already ok, then c/c++ is not necessary.
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作者 kokolu (岁月如歌), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?.
时间 北大未名站 (2003年10月11日23:47:40 星期六), 转信
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MCMC是个什么玩艺啊？
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 是啊，我是打算用MCMC的，perl不可以么？
: e.g., if you are using MCMC, then c/c++ programming is a must.
: If perl or java is already ok, then c/c++ is not necessary.
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作者 dayhoff (愤怒的小马), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?
时间 北大未名站 (2003年10月12日00:05:04 星期天) , 站内信件
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Markov Chain Monte Carlo
【 在 kokolu (岁月如歌) 的大作中提到: 】
: MCMC是个什么玩艺啊？
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作者 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?
时间 北大未名站 (2003年10月12日01:14:55 星期天), 转信
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做这个真的需要用c么？你有没有这方面的代码？我学习学习。
btw:这个就是目前比较时兴的baysian的做进化的方法。不如maximum likelihood精确，
可是比它快。
【 在 dayhoff (愤怒的小马) 的大作中提到: 】
Markov Chain Monte Carlo
【 在 kokolu (岁月如歌) 的大作中提到: 】
: MCMC是个什么玩艺啊？
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作者 dayhoff (愤怒的小马), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?
时间 北大未名站 (2003年10月12日07:56:07 星期天) , 站内信件
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I only programmed one for homework two years ago.
You will laugh to death at that one.
google "MCMC C++", you will get workable codes.
MCMC is a general statistical approach ......
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 做这个真的需要用c么？你有没有这方面的代码？我学习学习。
: btw:这个就是目前比较时兴的baysian的做进化的方法。不如maximum likelihood精确，
: 可是比它快。
: Markov Chain Monte Carlo
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作者 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?
时间 北大未名站 (2003年10月12日08:15:34 星期天), 转信
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谢谢。我先看看相关的资料。
【 在 dayhoff (愤怒的小马) 的大作中提到: 】
I only programmed one for homework two years ago.
You will laugh to death at that one.
google "MCMC C++", you will get workable codes.
MCMC is a general statistical approach ......
【 在 lylover (阅读R文档ing&思念cinderella) 的大作中提到: 】
: 做这个真的需要用c么？你有没有这方面的代码？我学习学习。
: btw:这个就是目前比较时兴的baysian的做进化的方法。不如maximum likelihood精确，
: 可是比它快。
: Markov Chain Monte Carlo
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作者 invoker (junkDNA), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 为什么NCBI SOFTWARE DEVELOPMENT TOOLKIT?..
时间 北大未名站 (2003年10月12日13:51:24 星期天), 转信
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easy:
for(;;){
doSomething();
sleep(10);
}
哈哈，
【 在 sunzx (『radiboga』@^@) 的大作中提到: 】
: 把C程序写得这么慢需要水平
: 而且需要的这个水平不比把C++程序写快的水平更低
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2004/9/23 2:05:00
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